Между организацией «Родители, педагоги и православная общественность - за русскую, традиционную, нравственную школу» и Владимирской епархией произошёл конфликт. Соучредители Суздальской православной гимназии не договорились о финансах.
Осенью 2023 года в социальных сетях распространилось письмо, в котором руководитель общественной организации говорила о нехватке средств. Связано это было с тем, что весной 2023 епархия отказала в финансировании образовательного учреждения.
Позиция второго учредителя состоит в том, что для получения гранта решается перерегистрацией гимназии так, чтобы из собственником осталась только Владимирская епархия. В феврале 2024 года родительский комитет обратился к Владимиру Путину и ряду чиновников. Родители сообщили о давлении на руководство образовательного учреждения и общественную организацию.
По сообщению Епархии до конца 2023-2022 учебного года изменений в гимназии не будет, и все выпускники получат аттестаты.