Напомним, по версии следствия, на протяжении 2009-2011 годов Нефедов вместе с начальником одного из отделов инспекции Ириной Матушевской вымогали взятки с предпринимателей за решение вопросов по изготовлению и согласованию паспортов, проектов зон охраны, границ и режимов использования территорий объектов культурного наследия. Он также заставлял подчиненных под видом предоставления платных услуг оформлять заказчикам фиктивные договора подряда.
С декабря 2009 по февраль 2010 года Нефедов «заработал» на бизнесменах более 550 тысяч рублей. Небольшую часть из этих денег он передал Матушевской за посреднические услуги.
Кроме того, около полутора лет с одного из местных предпринимателей по указанию Нефедова «выбивали» 500 тысяч рублей за согласительную процедуру проекта. В июне 2011 года при получении для Нефедова части взятки - 250 тысяч рублей и двух бутылок коньяка общей стоимостью свыше 9 тысяч рублей – была задержана с поличным Матушевская.